Ngay từ khi đi vào giai đoạn sản xuất, Bão ngầm đã thu hút được sự chú ý đặc biệt từ công chúng và giới truyền thông.[23] Nhận xét về bộ phim, hội đồng thẩm định của VTV đánh giá đây là một tác phẩm "hiện đại, lôi cuốn, [...] bối cảnh phim đẹp, [...] được chăm chút cẩn thận. Truyện phim hấp dẫn, li kì, tạo nên sức hấp dẫn của hiện thực và bức tranh xã hội rộng lớn với nhiều lớp lang phong phú từ thấp đến cao", đồng thời dự đoán phim sẽ "có nhiều khả năng thu hút khán giả".[29] Diễn viên Trần Nhượng nhận định rằng ảnh hưởng của dịch bệnh hạn chế người dân đi lại cũng sẽ là yếu tố giúp bộ phim có nhiều người theo dõi hơn.[43]

Trong những tập đầu phát sóng, Bão ngầm đã nhanh chóng thu hút nhiều người xem và nhận được những phản hồi tích cực từ khán giả,[17][35][44] được cho là vì sự chân thực trong nội dung, diễn biến tình tiết nhanh, những đại cảnh và phân cảnh hành động quyết liệt cùng diễn xuất của dàn diễn viên gạo cội.[45][46] Diễn xuất của Hà Việt Dũng cũng nhận về nhiều khen ngợi và được coi là vai diễn "lột xác" của anh.[35][41] Bộ phim được ghi nhận có lượng người xem cao nhất cả nước, với chỉ số người xem đạt 4.6[47] và đã liên tục giữ tỉ lệ người xem sau đó ở mức 5.3 trong nhiều tháng liên tiếp.[48] Một bài viết trên báo Sức khỏe và Đời sống đã đưa ra những lý do giải thích việc bộ phim gây "sốt" đối với khán giả, bao gồm "âm nhạc bắt tai" và "khắc họa hình ảnh người chiến sĩ công an [...] trong cuộc chiến chống ma túy và tội phạm".[49] Báo Tuổi Trẻ thì đánh giá phim đặc biệt "khắc họa thế giới tội phạm đặc sắc với đa dạng những "kẻ thủ ác" [...] Mỗi nhân vật lại có những nét riêng, móc nối vào nhau tạo thành những đường dây tội ác quy mô lớn".[50]

Dù vậy, Bão ngầm cũng gây ra ý kiến trái chiều khi bị cho là có nhiều cảnh bạo lực, máu me và cảnh nóng, không phù hợp với một bộ phim phát sóng vào khung giờ nhiều người xem, trong đó có cả trẻ em.[44][51][52] Biên kịch kiêm phó đạo diễn của bộ phim, ông Đào Trung Hiếu, cho biết phim đã cố gắng tiết chế nhất có thể những cảnh bạo lực và còn "thuộc quyền quyết định của đạo diễn".[44] Việc lồng tiếng cho các nhân vật trong bộ phim cũng vướng phải tranh cãi khi vai diễn của Cao Thái Hà bị cho là lồng tiếng không khớp với khẩu hình; điều này sau đó được phía đạo diễn và biên kịch giải thích với lý do nữ diễn viên là người miền Tây trong khi xuất thân của nhân vật lại là người miền Bắc nên đã phải lồng tiếng cho nhân vật để phù hợp với tình tiết phim.[53][54][55] Nhiều người xem đã nhận xét kịch bản phim "thiếu logic" và cách xây dựng các tuyến nhân vật chính diện, phản diện là "cũ kỹ" và thiếu thuyết phục.[56][57]

Sau khi phát sóng được nửa số tập của bộ phim, Bão ngầm đã gây nên nhiều tranh cãi khác nhau về kịch bản và diễn xuất của diễn viên. Vai diễn Lam trong phim đã gây nên nhiều ý kiến trái chiều về cách xây dựng tâm lý nhân vật khi có tính cách "lập lờ" và không giống với tác phong của một trinh sát đặc nhiệm. Diễn xuất diễn viên Thanh Bi cũng bị cho là hạn chế cả về đài từ và biểu cảm gương mặt lẫn ánh mắt khiến cho ấn tượng của khán giả về nhân vật bị "phản ứng ngược".[58][59][60] Đáp lại những ý kiến trên, biên kịch Đào Trung Hiếu trong một bài phỏng vấn cho báo VietNamNet đã nói "hãy khen chê thuyết phục, có văn hoá" và cho rằng việc bộ phim có nhiều ý kiến góp ý chứng tỏ tác phẩm thực sự được quan tâm bởi đông đảo người xem truyền hình cả nước.[48] Cũng trong một bài viết khác của trang báo, theo đó tổng hợp lại những ý của những khán giả xem phim, nhiều người đã cho rằng việc các nhân vật lãnh đạo công an cấp cao xưng hô "mày – tao" trong phim là không đúng với thực tế và hiếm thấy ngoài đời. Nhiều người xem cũng cùng chung quan điểm rằng phim còn nhiều sự vô lý, lê thê và tình tiết dàn trải, chứng tỏ biên kịch và đạo diễn còn "non tay, chưa tới", ngoài ra cũng góp ý với đoàn phim, trong đó có ông Đào Trung Hiếu, cần tiếp thu và lắng nghe những khuyết điểm về bộ phim thay vì đổ lỗi cho khán giả "trình độ thấp".[61]